Η εκτέλεσή του έγινε στα πλαίσια μιας ανελέητης αντικομμουνιστικής σφαγής, που ξεκίνησε με το πραξικόπημα της 30/9/1965 και διεξήχθη με τις ευλογίες της CIA και των Αμερικανών.
Το Κομμουνιστικό Κόμμα Ινδονησίας, που έως τότε ήταν το τρίτο μεγαλύτερο στον κόσμο με 3,5 εκατομμύρια μέλη και 17.000.000 οργανωμένους οπαδούς, είχε μεγάλη επιρροή στο λαό. Χάρη στον πρωταγωνιστικό του ρόλο στον αντιαποικιακό αγώνα, την εκλογική του δύναμη και την ισχυρή του οργάνωση, παίζει σημαντικό ρόλο στη δημόσια ζωή και ασκεί επιρροή στην πολιτική του νόμιμου προέδρου Σουκάρνο.
Υπό την καθοδήγηση, λοιπόν των Άγγλων και των Αμερικανών ανατρέπεται ο πρόεδρος Σουκάρνο και εγκαθίσταται στην εξουσία το ανδρείκελο Σουχάρτο. Τότε θα ξεκινήσει μια απερίγραπτη σφαγή των κομμουνιστών που θα κρατήσει μήνες. Το αποκορύφωμα αυτού του μακελειού ήταν στις 29 Δεκέμβρη 1965. Τα μέλη του ΚΚΙ και της νεολαίας του, «Πεμούντα Ρακτζάν», συλλαμβάνονται κατά χιλιάδες από το στρατό και οδηγούνται στις φυλακές. Σε όλη την Ινδονησία κομμουνιστές εκτελούνται εν ψυχρώ από στρατιώτες ή λιντσάρονται από φανατικούς μουσουλμάνους, και σε ορισμένες μάλιστα περιπτώσεις βασανίζονται και καίγονται ζωντανοί μέσα στις λέσχες τους.
Μόλις μία ημέρα μετά το πραξικόπημα είχαν εκτελεστεί 87.000 κομμουνιστές. Ο τελικός απολογισμός του πογκρόμ τους επόμενους μήνες, είναι εφιαλτικός: Πάνω από ένα εκατομμύριο νεκροί!
Κοσμάς Λεοντιάδης.

Η διεθνής κοινότητα υποδέχτηκε τη σφαγή και τις εκκαθαρίσεις ως νίκη επί του Κομμουνισμού στην κορύφωση του Ψυχρού Πολέμου. Οι δυτικές κυβερνήσεις κι ένα μεγάλο τμήμα των δυτικών ΜΜΕ προτιμούσαν τον Σουχάρτο και τη "Νέα Τάξη" από το PKI και την όλο και αριστερότερη "Παλιά Τάξη". Το πρωτοσέλιδο της αμερικανικής εφημερίδας US News and World Report έγραψε: "Ινδονησία: Ελπίδα...εκεί που δεν υπήρχε καμία". Ο αυστραλός πρωθυπουργός Harold Holt σχολίασε τους New York Times ότι: "Τώρα που βγήκαν απ' τη μέση 500,000 με ένα εκατομμύριο φιλοκομμουνιστές...νομίζω πως είναι ασφαλές να υποθέσουμε ότι έχει επέλθει αλλαγή πορείας." Το περιοδικό Time περιέγραψε την καταστολή του PKI ως "Τα καλύτερα νέα στην Ασία για τη Δύση." Ενθυμούμενος την συμπεριφορά των αμερικανών αξιωματούχων σε σχέση με τις σφαγές, ο αξιωματούχος αντικατασκοπείας του Στέιτ Ντιπάρτμεντ  Howard Federspiel είπε: "κανείς δεν νοιαζόταν που τους έσφαζαν, εφόσον ήταν κομμουνιστές.

Εντός των Ηνωμένων Πολιτειών, ο Robert F. Kennedy ήταν από τα ελάχιστα εξέχοντα πρόσωπα που καταδίκασε τις σφαγές. Τον Ιανουάριο του 1966 δήλωσε: "Μιλήσαμε ενάντια στις απάνθρωπες σφαγές των Ναζί και των Κομμουνιστών. Θα μιλήσουμε όμως και για την απάνθρωπη σφαγή στην Ινδονησία, όπου περίπου 100.000 κομμουνιστές δεν είναι οι θύτες αλλά τα θύματα;"
Τα κομμουνιστικά κράτη, αντιθέτως, άσκησαν σκληρή κριτική στις σφαγές. Η κινεζική κυβέρνηση δήλωσε ότι επρόκειτο για "φρικτά και διαβολικά εγκλήματα...χωρίς προηγούμενο στην ιστορία." Ένας γιουγκοσλάβος διπλωμάτης σχολίσε ότι "ακόμα κι αν υποθέσει κανείς ότι είναι ένοχο το Πολιτμπιρό [η ηγεσία του PKI], πράγμα που εγώ δεν θεωρώ, δικαιολογείται η γενοκτονία; Σκοτώστε την Κεντρική Επιτροπή, όχι 100.000 χιλιάδες ανθρώπους που ούτε ήξεραν ούτε συμμετείχαν σ' αυτό [στην συνωμοσία της 30 Σεπτεμβρίου]." Η κυβέρνηση Σουχάρτο καταδικάστηκε ως "στρατιωτικό φασιστικό καθεστώς" από την κυβέρνηση της Βόρειας Κορέας. 
Σύμφωνα με την Kathy Kadane, μέλη της αμερικανικής κυβέρνησης πρόσφεραν τα ονόματα στόχων στον στρατό της Ινδονησίας, πράγμα που αρνούνται πολλοί αξιωματούχοι των ΗΠΑ. Η εσωτερική αλληλογραφία ανέφερε αίτημα της Ινδονησίας για εξοπλισμό επικοινωνιών και μικρά όπλα για να εξοπλιστεί η Μουσουλμανική και εθνικιστική νεολαία στην κεντρική Ιάβα ώστε να χρησιμοποιηθεί ενάντια στο PKI",  πράγμα το οποίο αρνήθηκε το FBI. Ο H.W. Brands έγραψε ότι η κυβέρνηση Τζόνσον αρνήθηκε ρητά να παρέχει όπλα για την μαζική σφαγή ινδονήσιων κομμουνιστών. Σύμφωνα με τον Robert Cribb, tδεν υπάρχουν τεκμήρια ότι οι ΗΠΑ συνεισέφεραν στην αύξηση της κλίμακας των σφαγών. 

Ωστόσο, ο Mark Aarons ισχυρίζεται ότι αποχαρακτηρισμένες αναφορές αντικατασκοπείας δείχνουν πως "η CIA συνέθεσε στην πραγματικότητα αναλυτικές λίστες με τα ονόματα όσων θεωρούσε επικίνδυνους και τις έδωσε στις δυνάμεις του Σουχάρτο, οι οποίες βεβαιώθηκαν ότι όσοι ονομάζονταν εξαλείφθηκαν στις επιχειρήσεις μαζικών φόνων."
Ο Alex Bellamy συμφωνεί, σημειώνοντας ότι ο στρατός της Ινδονησίας χρησιμοποίησε κατάλογο που περιείχε περίπου 5.000 ονόματα ατόμων για τα οποία υπήρχαν υποψίες ότι ήταν μέλη του PKI. Ο κατάλογος τους δόθηκε από την αμερικανική πρεσβεία στην Τζακάρτα, για να ταυτοποιηθούν κάποια από τα θύματα. Ο Bradley Simpson, Διεθυντής του Εγχειρήματος Τεκμηρίωσης για την Ινδονησία και το Ανατολικό Τιμόρ στο Αρχείο Εθνικής Ασφάλειας ισχυρίζεται ότι: "Οι Ηνωμένες Πολιτείες είχαν άμεση εμπλοκή στον βαθμό που έδωσαν βοήθεια στον στρατό της Ινδονησίας, την οποία αυτός χρησιμοποίησε για να διευκολύνει τους μαζικούς φόνους."
Η βοήθεια περιελάμβανε παροχή μικρών όπλων από τη CIA μέσω Ταϊλάνδης, όπως και την οικονομική ενίσχυση, μέσω της αμερικανικής κυβέρνησης, καθώς και περιορισμένο αριθμό εξοπλισμού επικοινωνιών, φαρμάκων και άλλων αγαθών, όπως παπούτσια και στρατιωτικές στολές, στον στρατό της Ινδονησίας. Σε ένα τηλεοπτικό πρόγραμμα παραγωγής 2008 σχετικά με τις σφαγές το οποίο παρουσίασε ο Οργανισμός Τηλεπικοινωνιών της Αυστραλίας, ο Bradley Simpson δήλωσε:
Τα έγγραφα αυτά έχουν καταστήσει εφικτή μια πολύ σαφέστερη κατανόηση του ρόλου των ΗΠΑ, της Βρετανίας, της Αυστραλίας και άλλων δυτικών κυβερνήσεων, τόσο για την απόπειρα να προκληθεί ένοπλη ανατροπή της κυβέρνησης της Ινδονησίας το 1965, όσο και για την στήριξη των μαζικών δολοφονιών από τον στρατό κι από ομάδες πολιτών μετά το κίνημα της 30 Σεπτέμβρη. Πριν απ' τα τελευταία χρόνια, οι μελετητές έκαναν σε μεγάλο βαθμό υποθέσεις για το ρόλο της CIA και άλλων γραφείων κατασκοπείας στην ανάπτυξη κρυφών επιχειρήσεων με στόχο την πρόκληση ένοπλης σύγκρουσης ανάμεσα στον στρατό της Ινδονησίας και το Κομμουνιστικό Κόμμα της Ινδονησίας,  το PKI. Όμως αυτά τα αποχαρακτηρισμένα έγγραφα αποκαλύπτουν μια εικόνα ενεργού εμπλοκής σε μια από τις μεγάλες θηριωδίες του εικοστού αιώνα, και καθιστούν τις ΗΠΑ και άλλες δυτικές κυβερνήσεις de facto συνενόχους σ' αυτή την εκστρατεία μαζικής δολοφονίας η οποία διήρκεσε όλο το 1965 και ως το 1966.

Οι εξελίξεις μετά την παραίτηση του Σουχάρτο 
Μετά την πτώση του Σουχάρτο λόγω της επανάστασης του 1988, το κοινοβούλιο της Ινδονησίας δημιούργησε μια Επιτροπή για την Αλήθεια και την Συμφιλίωση [Truth and Reconciliation Commission], για να αναλύσει τις μαζικές δολοφονίες, αλλά αυτή η επιτροπή ακυρώθηκε από το Ανώτατο Δικαστήριο της Ινδονησίας. Ένα ακαδημαϊκό συνέδριο για τις δολοφονίες πραγματοποιήθηκε στην Σιγκαπούρη το 2009.
Οι δολοφονίες παραλείπονται σε μεγάλο βαθμό από τα βιβλία ιστορίας της Ινδονησίας, τα οποία παριστάνουν τους φόνους ως "πατριωτική εκστρατεία" που είχε ως αποτέλεσμα λιγότερους από 80.000 θανάτους. Το 2004, τα σχολικά βιβλία άλλαξαν για λίγο για να περιλάβουν τα γεγονότα, αλλά το νέο πρόγραμμα σπουδών εγκαταλείφθηκε το 2006, μετά τις διαμαρτυρίες στρατιωτικών και ισλαμιστικών ομάδων. Κατόπιν, τα βιβλία που ανέφεραν τις μαζικές δολοφονίες κάηκαν με διαταγή του Γενικού Εισαγγελέα της Ινδονησίας. Το βιβλίο Αφορμή για μαζικό φόνο του John Roosa (2006) απαγορεύτηκε αρχικά από το γραφείο του Γενικού Εισαγγελέα.
 
Η βρώμα σε όλη τη γη έχει όνομα. Οι ΗΠΑ και οι συμμαχοί τους...όποιοι είναι αυτοί. Δολοφόνοι των λαών..